Les termes microbiote et microbiome sont souvent utilisés de manière interchangeable, mais ils renvoient à des concepts distincts en écologie microbienne.

• Le microbiote désigne l’ensemble des micro-organismes vivants dans un environnement spécifique, comme le corps humain, le sol ou l’eau.

• Le microbiome englobe non seulement les micro-organismes eux mêmes, mais également leur matériel génétique collectif, incluant les gènes et les génomes.